1986 m. rugsėjo 1 d. Klaipėdos mieste įsteigtas lopšelis – darželis Nr. 64. Įstaigai vadovauti paskirta vedėja Magiliona Kilpienė.
1992 m. rugsėjo 1 d. lopšelis – darželis reorganizuojamas į pradinę mokyklą – darželį. Tuo metu veikė 8 pradinės klasės ir 6 darželio grupės.
1994 m. vasario 15 d. darželiui – mokyklai Nr. 64 suteiktas “Aitvarėlio” vardas.
2001 m. rugsėjo 1 d. darželis – mokykla reorganizuojamas į lopšelį – darželį. Įstaigoje veikė 10 grupių.
2007 m. spalio 1 d. Klaipėdos lopšelio – darželio “Aitvarėlis” direktore paskirta Aušra Jablonskienė.
2008 m. įstaigoje atlikta renovacija.
2011 m. spalio mėn. įstaiga atšventė 25-erių metų Jubiliejų.
2015 m. rugsėjo 1 d. įstaigoje įsteigta 11-ta ankstyvojo amžiaus grupė “Skruzdėliukai”.
2016 m. spalio mėnesį įstaiga atšventė 30-ties metų veiklos Jubiliejų.
Įstaiga orientuojasi į saugios ir sveikos gyvensenos ugdymą.
